للتدريس والتأليف ، وان شيوخه الأوائل في بيئته التي نشأ فيها ، كانوا الدافع الرئيس على تبوئه المقام العلمي الرفيع في المدرسة النجفية وهم : 1 - الشيخ محمد إبراهيم الباكستاني ( جده ) . 2 - الشيخ خادم حسين ( عمه ) . 3 - الشيخ اختر عباس الباكستاني ، مؤسس مدرسة جامع المنتظر . 4 - شريف العلماء السيد رياض حسين النقوي . 5 - السيد صفدر حسين النجفي . وأصبح الشيخ النجفي أستاذا في الحوزة العلمية في النجف الأشرف وأخذ يدرس ( السطوح ) في المدرسة المهدية ، والمدرسة الشبرية وفي جامع الهندي عام 1968 م ومنذ عام 1974 م أخذ في تدريس ( البحث الخارج ) فقها وأصولا في مدرسة دار الحكمة للإمام السيد محسن الحكيم ومدرسة دار العلم للإمام السيد أبي القاسم الخوئي ، ومدرسة القوام الدينية وفي مسجد آل كاشف الغطاء وكنت أحضر معه مجلس الاثنين الذي يعقده الأستاذ الدكتور محمود البستاني في داره ، وتجرى فيه مناقشات علمية وفكرية بين 1970 - 1980 م ، وكان للشيخ النجفي حضور متميز ومناقشات علمية جادة في الفلسفة وعلم الكلام والمنطق ، وعلى الرغم من تحصيله العلمي الكبير ، فإنه لم يتصد للتقليد ، إلا بعد وفاة الإمام السيد أبي القاسم الخوئي عام 1992 م ، فالتف حوله طلبة الحوزة العلمية ، وقد ضيقت السلطة الصدامية عليه الخناق للحدّ من تأثيره فمنعته من إمامة صلاة الجماعة ، ومن ثم حاولت اغتياله عام 1419 ه الموافق لعام 1998 م ، وأذاع راديو مونتيكارلو نبأ الاعتداء على الشيخ النجفي وقال : انه في مجتمع ديني في النجف الأشرف قام جماعة بإلقاء قنابل على دار الشيخ النجفي ، وقد قتل منهم اثنان ، والمقصود في المجتمع الديني هو مجلس تعزية في شهر رمضان بمناسبة استشهاد الإمام علي عليه السلام ،